Na tleh današnjega Šentjerneja je bil še v XII. stoletju gozd. Ko pa je bila v vojnah med letoma 1125 in 1131 osvojena Slovenska marka, so si višnjegorski ministerali z Draškovca in speinheimskega Siechersteina gozd razdelili in ga iztrebili.
Preusmerili so tok Kobiljega potoka in ob njem na južni strani ustanovili kmečko, na severni pa vojaško in obrtno naselje s cerkvijo sv. Mihaela. Ob njem so freisinški škofje v imenu oglejskega patriarha ustanovili faro sv. Jerneja, ki je prvič pisno omenjena leta 1249. Cerkev sv. Mihaela je pozneje postala kostnica in po letu 1627 ni bila več omenjena.
Leta 1913 je umrl v Ljubljani eden prvih starinoslovcev, Jernej Pečnik. Ugotovil je, da je bilo na prostoru današnje vasi Groblje bogato rimsko mestece »Crucium«, ki do danes še ni v celoti raziskano.
Neki posestnik je pri kopanju temeljev odkopal poslikano steno rimske zgradbe. Ko so Huni in Obri premagali Rimljane in razdejali Crucium, so se prebivalci umaknili na Gorjance in zgradili močno postojanko.
Turške horde so s pomočjo balkanskih spremljevalcev ob vpadih na Kranjsko med letoma 1492 in 1500 dvakrat požgale farno cerkev in župnišče, ki so ju farani kasneje obnovili. Od leta 1408, ko so prvič pridrli na Kranjsko, so v 83. letih kar štiriindvajsetkrat ropali, morili in rušili naše kraje. Posebno so jim bile v napoto cerkve in samostani. Leta 1469 so pridrli preko Kostanjevice in se utaborili na šentjernejskem polju, od koder so odhajali na svoje uničevalne pohode. Leta 1471 so razrušili stiško opatijo in pletersko kartuzijo. Pet let pozneje je pridrlo 4500 Turkov s Hrvaškega proti Brežicam. Ker niso mogli preko Save, so po pobočjih Gorjancev ponovno pridrli do kartuzije Pleterje, ki pa je bila takrat že močno utrjena. Svoj roparski pohod so nadaljevali proti Novemu mestu in naprej.
Med letoma 1546 in 1547 je živel v Šentjerneju protestantski župnik Primož Trubar (1508-1586), začetnik slovenske književnosti in utemeljitelj slovenske protestantske misli. Zavoljo Trubarja so v preteklosti Šentjernej imenovali Lutrova vas.
Ko je minila turška nevarnost, se je nad šentjernejsko dolino zgrnila za nekaj stoletij druga nadloga – Uskoki, ki so iz Vojne krajine na Hrvaškem hodili ropat na Kranjsko. Njihovo početje je slovenski zgodovinar Janez Vajkard Valvasor tako opisal: »Ti nepridipravi potrgajo in poropajo s svojimi dolgimi prsti in kremplji vse, kar ni prav močno pribito, ter pridno iščejo tam, kjer niso nič izgubili«.
Kradli so kakor srake pri kmetih, graščakih in po cerkvah. Vizitacijski zapisnik iz leta 1606 ugotavlja, da skoraj nobena cerkev zaradi Uskokov ni imela oken.
Anton Lesjak v knjigi »Zgodovina šentjernejske fare na Dolenjskem" o roparskih Uskokih piše: »Lahko si mislim, kako so se tega poseta veselili gospodje in Šentjernejci. Kmetje se oborožijo s sekirami, vilami, kosami. Sv. Rešnje Telo so bili prenesli v Staro vas dolnjo. Župnik pa, srčen mož, ostane sam v župnišču, razsvetli sobe pa moli. Oboroženi kmetje so zbrani na tlačanskem vrtu ter se pri ognju grejejo. Dolgo časa nič. Proti polnoči se začuje neko ropotanje. So že tu, so že tu! Gre od ust. V zvoniku začne biti plat zvona, oboroženi kmetje se pa v smrtnem strahu razprše na vse strani. Gosp. kaplan »Fronc« zbeži v dimnik, tovariš Jos Žagar se skrije v grmovju doli proti mlinu, kuharica zbeži na staro češnjo, zadremlje in pade v vodo, ki je nekdaj tekla v okopu okrog župnišča! Kaj pa roparji? Ni jih bilo. Prišlo je le nekaj vojakov iz Novega mesta, kamor je bila šla stara ženica gosposko obvestit, kaj da čaka na večer Šentjernejce. Smeha ni bilo potem ne konca ne kraja, posebno še, ko je g. Fronc ves črn prilezel iz dimnika! Z veliko častjo so naslednji dan prenesli sv. Rešnje Telo iz Stare vasi v farno cerkev. Nekaj vojakov ga je spremljalo.«
Prvi podatki o fari sv. Jerneja segajo v leto 1249. Po ustanovitvi ljubljanske škofije je postala njena edina dolenjska župnija. V letih 1546 - 1547 je tu služboval župnik Primož Trubar. V povesti »Bajke in povesti o Gorjancih« je te kraje slikovito opisoval Janez Trdina.
Občina ima kar nekaj dobro in srednje ohranjenih gradov: Gracarjev turn, Vrhovo, Prežek. V zavetrni dolini pod Gorjanci pa leži kartuzijanski samostan Pleterje, ki ga je v začetku 15.stol. ustanovil Herman II. Celjski.
Po daljšem razgibanem življenju je bil samostan po jezuitskem redu prevzet in v jožefinski dobi ukinjen. Leta 1899 so ga kupili francoski kartuzijani in ga popolnoma na novo pozidali. Od prvotnega samostana je ohranjena in za obiskovalce odprta gotska cerkev, ena najlepših stavb na Slovenskem, v kateri s projekcijo diapozitivov ter z ustreznim komentarjem v več jezikih predstavljajo samostansko življenje in notranjščino samostana. Samostan je s svojim zglednim gospodarstvom močno vplival na okoliške kmete, nemajhne zasluge pa ima tudi za slovensko kulturo, saj je dajal zatočišče številnim pesnikom in pisateljem.
Šentjernej je znan po pridelavi cvička, po vsakoletnih konjskih dirkah, ki jih Konjeniški klub Šentjernej prireja dvakrat letno (maja in avgusta), po pevski prireditvi Srečanje oktetov, ki je lani, po šestih letih ponovno zaživela, ter po JERNEJEVEM – prazniku občine in osrednji letni prireditvi Turističnega društva Šentjernej, na katerem se predstavijo vsa športna in kulturna društva občine.
Lahko rečemo, da je sestavni del življenja občanov ohranjanje ljudskega izročila - eno najpomembnejših je žegnanje konj v Dolenji Stari vasi na Štefanovo ter Koledovanje pred farno cerkvijo. Od starih ljudskih obrti je ohranjena lončarska obrt v Gruči in kovačija na Selah.
V občini prevladuje agrarno-vinogradniška dejavnost. Po propadu večjega industrijskega obrata Iskra je vse več brezposelnih našlo zaposlitev v obrtni dejavnosti, pričakujemo pa, da se bo z izgradnjo novega obrata Krke, tovarna zdravil Novo mesto in izgradnja obrtne cone zmanjšala tudi velika brezposelnost.
V občini je kar nekaj uspešnih podjetnikov in obrtnikov, dobrih gostiln, dobro založenih trgovin, predvsem pa smo ponosni na vrhunske vinogradnike in kletarje - pridelovalce najboljšega dolenjskega vina -CVIČKA. Po cvičku, petju in petelinu, ki je tudi v grbu občine, je občina dobila svoj razpoznavni znak in svoje mesto med pomembnejšimi kraji v državi. Prav zaradi vse večje popularizacije cvička se je pričel projekt VINSKE CESTE, ki usmerja turiste vse od Novega mesta do Kostanjevice in je v dobršnem delu speljana preko šentjernejskih vinskih goric.
Na pobočjih Gorjancev je možen lov na višinsko divjad. Ribolov pa je najbolj razširjen na reki Krki in njenih pritokih.
Lepo je v naši dolini. Obiščite nas in se prepričajte sami. Postregli vas bomo s pristnimi domačimi jedmi in cvičkom ter vas popeljali po naših goricah, da se naužijete lepote in miru.